| LIEU | DOMICILE | EXTERIEUR | SCORE |
| 9Â octobre | |||
| Kashima Std. | KASHIMA ANTLERS | Roasso Kumamoto | 2-1 |
| Sendai, Yurtec Std. | Sony Sendai FC | CEREZO OSAKA | 1-3 |
| Tôhoku denryoku Big Swan Std. | ALBIREX NIIGATA | FC Machida Zelvia | 2-1 |
| Nagoya, Mizuho Std. | NAGOYA GRAMPUS | Consadole Sapporo | 2-1 |
| Yamagata ND Std. | MONTEDIO YAMAGATA | Shonan Bellmare | 3-1 |
| Yokohama Mitsuzawa Std. | YOKOHAMA F.MARINOS | Sagan Tosu | 2-1 |
| Osaka, Expo’70 Std. | GAMBA OSAKA | Tochigi SC | 3-2 |
| Kyôto Nishikyôgoku Std. | Kyôto Sanga FC | JEF UNITED ICHIHARA | 0-4 |
| 11 octobre | |||
| Kumagaya Std. | OMIYA ARDIJA | Oita Trinita | 3-0 |
| Shôda shoyu Std. | Giravanz Kitakyûshû | FC TÔKYÔ | 0-2 |
| Kobe, Home Std. | Vissel Kobe | KASHIWA REYSOL | 1-2Â a.p. |
| Komaba Std. | URAWA REDS | Tokushima Vortis | 2-0 |
| 13 octobre | |||
| Coca-Cola West Hiroshima Std. | Sanfrecce Hiroshima | AVISPA FUKUOKA | 2-2 (t.a.b. 5-6) |
| Todoroki Std. | KAWASAKI FRONTALE | Yokohama FC | 2-1 a.p. |
| Nihondaira Std. | SHIMIZU S-PULSE | Mito Hollyock | 4-1 |
| Yamaha Std. | JUBILO IWATA | Ventforet Kofu | 2-1 |
Lors de ce troisième tour de la Coupe de l’Empereur, la hiérarchie a légèrement vacillé puisque quatre clubs de la première division ont été éliminés, parmi lesquels les trois clubs les plus mal classés en championnat : Vissel Kobe, Kyoto Sanga FC et Shonan Bellmare. Sanfrecce Hiroshima complète la liste des grands perdants.
Le reste des vainqueurs n’ont fait montre de leur calibre qu’à partir de la deuxième journée, la plupart des scores de la première journée n’ayant qu’un écart de deux buts au maximum, même si, au milieu de cela, le carton de JEF United Chiba face à Kyoto laissera sûrement des séquelles. Le second carton est à mettre sur le compte d’Omiya, face au club d’Oita. Les deux « victimes » des deux premières journées de ce troisième tour n’avaient sans doute pas besoin de telles corrections avec des parcours dans leurs ligues respectives déjà suffisamment chaotiques.
Concernant la troisième et dernière journée qui s’est jouée le mercredi 13 octobre, les scores se sont resserrés, Hiroshima a peiné et s’est d’ailleurs incliné aux tirs aux buts face à Fukuoka, tandis que les deux clubs de Shizuoka ont assuré, de même que Kawasaki, et ce d’une manière plus sereine. Trois des quatre clubs de J2 engagés ce jour n’ont donc pas résisté à leurs ainés. Par ailleurs, le score fleuve acquis par Shimizu sera peut-être en mesure de redonner du baume au cÅ“ur à une fin de saison qui, de façon récurrente, a tendance à s’essouffler.
Le quatrième tour aura lieu le 17 Novembre et proposera les rencontres suivantes :
Kashima Antlers – Cerezo Osaka
Albirex Niigata – Nagoya Grampus
Avispa Fukuoka (J2) – Omiya Ardija
FC Tokyo – JEF United (J2)
Kawasaki Frontale – Montedio Yamagata
Shimizu S-Pulse – Yokohama F-Marinos
Gamba Osaka – Kashiwa Reysol (J2)
Urawa Reds – Jubilo Iwata