La saison 2016 de JFL s’est conclue par un nouveau titre du Honda FC, qui l’a emporté en finale contre l’équipe universitaire de Ryutsu Keizai Dragons Ryugasaki. Il s’agit de leur 6ème titre en JFL après ceux de 2001, 2002, 2006, 2008 et 2014. Cela ne signifie pas pour autant que l’équipe est promue en J3 puisqu’il s’agit d’une équipe corporative composée d’employés de la société Honda. Parmi les clubs disposant d’un projet professionnel et d’une licence pour la J3, seul le Azulclaro Numazu en se classant 3ème derrière les deux finalistes a rempli la condition sportive permettant la promotion pour la prochaine saison de J3.
Il n’y aura pas de relégué de JFL cette saison puisque le Fagiano Okayama Next, l’équipe réserve du club de J2, a annoncé arrêter ses activités. Les deux équipes qui quittent la JFL seront remplacés par le Veertien Mie et le FC Imabari qui ont été promus au terme de la finale des ligues régionales.
La saison prochaine, il y aura au total 9 clubs en JFL qui ambitionnent d’intégrer la J.League, dont les deux néo-promus. Il y aura le Vanraure Hachinohe et le Nara Club qui sont titulaires d’une licence J3, le Tochigi Uva, le Tokyo Musashino City et le FC Imabari qui sont membres associés de la J.League, puis le Reinmeer Aomori, le Veertien Mie, le MIO Biwako Shiga et le FC Osaka qui ont un projet de professionnalisation en route. Début des hostilités le 5 mars 2017.