À partir de cette saison 2014, la JFL se déroulera en deux phases et le champion sera désigné par une finale aller-retour entre les deux vainqueurs de phase. À l’issue de cette saison de JFL, il est prévu qu’un ou deux clubs parmi les membres associés de la J.League soient promus en J3.
Certains clubs ont changé de nom, il s’agit de Sagawa Printing qui précise que le club est basé à Kyoto, même chose pour Maruyasu Industries qui est basé dans la ville d’Okazaki (préfecture d’Aichi) et pour finir Hoyo Oita qui devient Verspah Oita.